余晨教授主持国家自然科学基金4项，上海市及教育部科研项目5项，目前，已经发表中英文论著100余篇，其中SCI论文40余篇，曾在“J Am Soc Nephro”杂志上发表“Long-term, high-dosage candesartan suppresses inflammation and injury in chronic kidney disease: nonhemodynamic renal protection”文章。另外，她还主编专著1部，参编专著3部，并获得专利多项。

余晨教授注重对学生、实习医生、住院医师及青年教师的培养，其中，多名硕士、博士获得同济大学优秀硕士金、上海市优秀毕业生等荣誉称号；在临床工作中，她言传身授，注重教学，获得实习医生和住院医师的一致好评；同时，她带领的多名青年教师多次获得同济大学及附属同济医院“金教鞭”奖。