Werner Seeger studierte Medizin in Münster und Gießen. Von 1979 bis 1982 war er als Wissenschaftlicher Mitarbeiter und Assistenzarzt am Institut für Klinische Chemie und Pathobiochemie, anschließend von 1982 bis 1987 an der Medizinischen Klinik der Justus-Liebig-Universität Gießen (JLU) tätig. Im Jahr 1987 habilitierte sich Seeger mit einer Arbeit für das Fach „Innere Medizin und Pathophysiologie“. Im selben Jahr wurde er Oberarzt. 1991 wurde er zum Professor sowie zum Leiter der Klinischen Forschergruppe „Respiratorische Insuffizienz“ ernannt.[1] 1996 wurde er der Direktor der „Medizinischen Klinik II“ der JLU. Seit 1997 ist er der Sprecher des Sonderforschungsbereichs „Kardiopulmonales Gefäßsystem“. Im Jahr 2000 wurde er als Geschäftsführender Direktor mit der Leitung des Zentrums für Innere Medizin des Universitätsklinikums Gießen-Marburg betraut. Von 1999 bis 2001 war er Präsident der Deutschen Gesellschaft für Internistische Intensivmedizin und Notfallmedizin, sowie von 2001 bis 2002 Präsident der Deutschen Gesellschaft für Pneumologie. Im Januar 2003 berief ihn die Deutsche Forschungsgemeinschaft in die Senatskommission für Klinische Forschung. Seeger ist im Direktorium des Max-Planck-Instituts für Herz- und Lungenforschung in Bad Nauheim.[2] Im Februar 2003 wurde Seeger von Bundespräsident Johannes Rau als Mitglied der Wissenschaftlichen Kommission in den Wissenschaftsrat berufen.[3] Zwischen 2005 und 2006 war er der Vorsitzende der Deutschen Gesellschaft für Innere Medizin.[4] Seit Januar 2012 engagiert sich Werner Seeger auch als Mitglied des wissenschaftlichen Beirats des Vereins Aufklärung gegen Tabak für die Prävention des Rauchens auf Schulebene durch Medizinstudierende.[5][6] Er ist Mitglied in verschiedenen internationalen und nationalen Fachgesellschaften, darunter die Leopoldina,[1] Ausschüssen und Kommissionen und gilt als einer der renommiertesten Lungenspezialisten.