已完成的包括：1）用于双样本ChIP-Seq数据定量比较和差异结合分析的计算模型MAnorm（Genome Biology 2012），以及它的后续版本MAnorm2用于多样本ChIP-Seq数据定量比较；2）转录因子结合motif分析包Motif-Scan，以及它与MAnorm结合用于寻找细胞类型特异性调控因子的分析工具MAmotif；3）用于统计比较分析基于同位素标记技术生成的定量蛋白组数据的MAP模型。同时，通过应用所开发的新计算工具，我们希望能够更深入地发掘：1）生物分子之间相互作用的机制，如PRC2在长非编码RNA上结合的序列依赖性（Scientific Reports 2017）；2）基因组元件的未知功能和结构特征，如一些特殊增强子元件的功能和结构特征。